故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen jijidy.com 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
吉田优子（小原好美 配音）本是一个非常平凡的女子高中生，哪知道在机缘巧合之下竟然觉醒了隐藏在血脉中的魔族力量。祖先莉莉丝（高桥未奈美 配音）现身在了吉田优子的面前，告诉吉田优子她有责任去打败魔族最大的敌人——光之一族的巫女。由于光之一族的诅咒的影响，导致吉田优子一家人永远过着贫苦的生活，这么说来，吉田优子打倒光之一族，不仅仅是为了魔族的荣誉，其实也是为了自己。 吉田优子的对手是名为千代田桃（鬼头明里 配音）的魔法少女，和千代田桃相比，吉田优子的魔力显然要弱得多，因此屡战屡败。也就是在屡败屡战的过程中，吉田优子竟然和千代田桃之间发展出了一段令人啼笑皆非的友谊。
洛小熠无意中救下了一只名叫“阿迪”的宝贝龙，神奇的是阿迪身上没有星龙应具备的属性，但却似乎隐藏着一股被压制但又随时会爆发的可怕能量，正乎？邪乎？几乎同时，封印着世上最黑暗邪恶力量的星印罗盘突然降临龙武族，并有解封之势，龙武族顿时乱成一团，人心惶惶。传说星印罗盘一解封，人界和星龙界必将被黑暗势力吞噬！长老们立刻召集六位斗龙战士和众星龙商议对策，当务之急唯一的办法就是到黑暗古城找到星圣剑来对抗。随之，阿迪的神秘身份也被揭开……
单亲妈妈Holly为了维持生计，成了一名好莱坞皮卡司机，在车里经营黑市医用品。与此同时，她能否逃脱FBI特工的无情追捕？
高度发展的都市，拉塞尔市。 在讴歌繁荣的这座城市中，动摇这个世界的巨大阴谋开始启动—— 立刻察知阴谋动向的男人索德，为了揭露阴谋而投身于不为人知的战斗当中。但他得到的线索却只有“El Dorado”这样的关键字而已。在战斗当中，索德遇到了一位名叫索菲亚的少女。索菲亚也在寻求着失踪的哥哥皇后留下的讯息“El Dorado”的含义。索菲亚失去了皇后，而索德也有过失去妹妹的过去。被“El Dorado”这一字句所吸引的两人，从对方身上感受到看不见的羁绊，并开始一同行动。 就这样，各自的心意交错的旅程开始了——
