千年后再度回归的彗星造访地球的一个月前，日本深山的某个乡下小镇女高中生三叶每天都过着忧郁的生活，而她烦恼的不光有担任镇长的父亲所举行的选举运动，还有家传神社的古老习俗。三叶身居这小镇之中，又处于过多在意周围人目光的年龄，因此对大都市的憧憬日益强烈。然而某一天，自己做了一个变成男孩子的梦。这儿有着陌生的房间、陌生的朋友。而眼前出现的则是东京的街道。三叶虽然感到困惑，但是能够来到朝思暮想的都市生活，让她觉得神清气爽。另一方面在东京生活的男高中生立花泷也做了个奇怪的梦。他在一个从未去过的深山小镇中，变成了女高中生。两人就这样在梦中邂逅了彼此。
历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。在墙壁的另一侧，似乎有前所未见的世界延伸开来。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。在时间流转，墙壁被巨人毁坏的现在，人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，西斯托利亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？在艾伦等104期兵的加入下，建立新体制的利威尔班。最强最恶的敌人，阻拦在开始行动的他们面前。
